1971 óta tanít egyetemeken, külföldi oktatásai mellett 28 éven át tanította A magyarság őstörténete és a A föld népei tárgyakat az ELTE-n, a Külkereskedelmi Főiskolán, majd 1993-tól a Szent István Egyetem Környezetgazdálkodási Intézetében. A témában számos egyetemi tankönyve és tanári segédkönyve jelent meg.

1971-ben nyújtotta be kandidátusi munkáját A langobárd ember címmel a Tudományos Minősítő Bizottságához, melyet azonban elutasítottak. 1977-ben, amikor a Budavári Palota területén megkezdték a vandálok által feldúlt nádori kripta helyreállítását, Kiszelyt antropológus szakértőként bevonták a holttestek (József nádor és családtagjai) azonosításába és patológiai vizsgálataiba, erről képekkel illusztrált beszámolót adott közre.

Az 1990-ben elhíresült Petőfi-ügyben az ellentmondásos helyzet abból fakadt, hogy a Kiszely által Petőfi Sándorként azonosított csontvázat más szakértők női csontvázként azonosították. Az elmérgesedett, politikai felhangokkal terhelt viták nagy médianyilvánosság előtt zajlottak. Ezek után Kiszelyt elbocsátották a Régészeti Intézetből. Azonban továbbra is írt és tanított. Az ügyről maga Kiszely István is többször publikált, legteljesebb átfogó munkája róla a "Meghalt Szibériában" című könyv. A Petőfi-ügy máig nem zárult le és a jelenleg élő Petőfi-rokonok vizsgálata választ adhat a kérdésre.

1990-től 1994-ig a Magyar Televízió Külpolitikai Főszerkesztőségén főmunkatársként dolgozott. 1994-től a budai Várkerület kerület önkormányzati képviselőjének és Budapest I. kerülete alpolgármesterének választották. Mandátuma lejárta után 1998-tól a Földművelésügyi és Vidékfejlesztési Minisztériumban tudományos tanácsadó, a felsőoktatás és a népfőiskolák ügyeivel foglalkozott.

A legutolsó időkig  az Agrárszakoktatási Intézetben dolgozott szakmai vezető és tanácsadói állásban, az Agrár Népfőiskolák Koordinációs Irodáját irányította. 1993 óta a gödöllői Szent István Egyetem Környezetgazdálkodási Tanszékén óraadó tanár volt.

2008-ban a Jobbik és a Magyar Gárda  által létrehozott Attila Király Népfőiskola vezetője lett. Amikor ügynök múltja nyilvánosságra került, eltávolították a népfőiskolából.